1865. aastal baltisakslaste poolt asutatud Saaremaa Uurimise Seltsi (SUS; Verein zur Kunde Oesels) tegevuse üks eesmärk oli oma muuseumi rajamine.
Juba 1866. aasta alguseks olid kogutud esimesed eksponaadid: mineraalid, mündid ja mitmesugused muinasesemed, kokku 32 eset. Muuseumi tegutsemise algusaastail koguti peamiselt loodusloolisi ja muinasesemeid, reisidelt kaugetesse maadesse kaasatoodud eksootilisi asju jms. Alles hiljem tekkis huvi dokumentide, etnograafiliste esemete jms. vastu.
1919. aastal loodi muuseumi korraldamiseks hoolekogu ja kaks aastat hiljem oli muuseum juba täielikult maakonnavalitsuse halduse all. Ümberkorraldused viidi läbi, koostamata seejuures dokumente, mis viidanuks muuseumikogude suurusele, seisukorrale vms., rääkimata üleantavate / vastuvõetavate eksponaatide nimekirjadest.
Samuti ei olnud SUS-i enam kui poole sajandi pikkusest tegutsemisajast säilinud ühtegi kogude nimekirja. Sobiva kaadri puudumise tõttu 1920.–30. aastail kogumistööga praktiliselt ei tegeletud.
Ainus varasem kogudega seotud ülevaatlik dokument on akt 30. jaanuarist 1935, millega Saaremaa ajutine maavalitsus andis Kuressaare Linnavalitsusele üle Saaremaa Muuseumi esemekogud. Kahjuks on akti lisatud museaalide nimekirjad koostatud pealiskaudselt ja täiesti asjatundmatult.
II maailmasaõja ajal, mil linnus oli sõjaväe käes, said kogud veelkord tõsiselt kannatada. 1949. aasta novembris tehti taasavatud muuseumi tulmeraamatusse esimene sissekanne, millega alustati säilinud varade arvelevõtmist. Nn. vanad kogud, mis hõlmavad kõiki enne II maailmasõda laekunud museaale (eespool nimetatud põhjustel kahjuks ilma tulmeandmeteta) jõuti arvele võtta 1951. aasta kevadeks. Samal ajal hakkas kogusse iga aastaga uusi museaale lisanduma.
Põhikogu jaguneb üheksaks koguks.